1933年，私立东陆大学更名为省立云南大学，同时增设医学专修科，有教室1间，简易实验室6间。
1937年，应熊庆来邀请，留法医学博士范秉哲教授主持创建云南大学医学院。9月16日，省立云南大学医学院正式成立，在省立东陆大学医学专修科基础上式成立，范秉哲教授兼任院长及外科教授，仅设医疗系，有教室1间，简易实验室6间。专业教师有范秉哲（外科）和李枢（耳鼻喉科），学制为六年制。
1941年，依据临床教学和学生实习需要，在昆明内门外城墙原云南大学实习工厂旧址，改建平房12间，设立云南大学附属医院。
1947年10月，在昆明市云瑞西路设立云大医院分院。
1949年底，医学院从云南大学晚翠园旧址迁入其附属医院，改造原有建筑为学院办公室、实验室和教职工宿舍。学院接收了原法国驻昆明领事馆赠与的甘美医院，总院、分院在昆明市巡津街甘美医院旧址合并为云南大学医学院附属医院。
1950年，学院开始招收5年制本科生。1951年-1955年，中央卫生部先后从北京医学专业高级师资班及四川、湖南等地选派20名毕业生来院工作。
1953年，学院成立基层教学组织，设有生理、解剖、组织胚胎等4个教学组。
昆明医学院
1956年9月，云南大学医学院独立建院，称为昆明医学院。次年，迁址人民西路办学。
1962年，云南省人民政府将昆明市工人医院扩建为昆明医学院第二附属医院，原附属医院改为昆明医学院第一附属医院。
“文革”期间，学院停止招生5年，1971-1976年招收了6届医学专业三年制工农兵学员 ，共毕业2256人。
1977年，学校恢复高考招生，招收5年制本科学生，并在原有医学系基础上增设预防医学系、口腔医学系、法医学系和麻醉专业。
1981年，学校成为全国首批硕士学位授予单位，在有硕士授予权的7个学科6个专业招收研究生。
1993年，学校被列为省属重点院校。
1996年，学校获准具有开展在职人员以同等学力申请硕士学位工作资格。
1998年，学校获准为博士学位授予单位。
2005年，学校招收药学专业学位硕士生。
2006年，学校批准为开展推荐优秀应届本科毕业生免试攻读硕士研究生工作单位。
2007年，在教育部本科教学工作水平评估中获得优秀。同年，学校获准设立第一批云南省哲学社会科学研究基地，昆明医学院—云南省疾病预防控制中心成为云南省第一批研究生教育创新联合培养基地。
2008年4月，学校在教育部本科教学工作水平评估中获得优秀。
2010年，云南医学高等专科学校并入。同年，新增第二个博士后科研流动站。
昆明医科大学
2012年5月，经教育部批准，昆明医学院更名为昆明医科大学。