1960年5月，云南中医学院正式挂牌成立，吴佩衡任首任院长，云南省中医医院划归云南中医学院管理并更名为云南中医学院附属医院。
1962年初，由于国家处于经济困难时期，云南中医学院面临停办危机。在周恩来总理的关怀下，云南中医学院得以保留。
1964年2月，学校校址迁至白塔路6号（原昆明第一卫生学校校址），占地30亩。1971年至1976年，累计毕业三年制中医专业学生630人。
1987年9月12日，经上级批准，在昆明市官渡区关上镇双桥乡征地109亩，扩建学校。
1992年2月，中药系由白塔校区搬到关上校区办学，关上新校区正式启用。
1997年，学校党政部门全部搬到关上校区办公，关上校区成为校本部。
2005年，经上级批准，学校在呈贡新城雨花片区征地823.5亩进行校区建设。2008年9月10日，云南中医学院呈贡校区一期工程建成并投入使用，首批1750余名师生正式入驻新校区。
2009年3月1日，学院院本部全日制本专科生、研究生和留学生3000余人及教职员工近600余人正式入驻呈贡新校区。
2016年7月，云南省人民政府与国家中医药管理局在昆明签署共建云南中医学院协议。
2017年7月，国家汉办批准学校为“孔子学院总部国际（西学）中医文化推广研究基地”。8月2日，宜良县政府与云南中医学院、昆明发展投资集团有限公司签订《云南中医康养特色小镇项目战略合作框架协议》，三方共同合作建设云南中医学院宜良校区项目。
2018年12月11日，云南中医学院发文确认，该校正式更名为“云南中医药大学”。