武昌首义学院校区原为清末陆军第三中学堂，同时又系武昌新军马队、炮队驻扎地。时值七百位热血志士汇入武昌首义主力军，故成为辛亥革命发源地之一。1913年，即民国二年，章太炎先生撰《武昌首义宣言》倡设大学，以纪念武昌首义之功烈，传承辛亥革命之精神。20世纪初叶，国共两党创办的黄埔军校武汉分校亦落址武昌，其中武昌首义学院现址即为该校址之一。1927年春，国民政府迁都武汉，黄埔军校武汉分校即正式更名为中央军事政治学校，时称“第二黄埔”，至此成为培育近代国民革命先锋的“中国将帅摇篮”。黄埔军校武汉分校曾开办黄埔第六期至第八期。同时，首开先河招募中国第一代女兵、第一批女军校学员共计213人。1927年2月12日，宋庆龄、孙科、吴玉章、董必武等出席开学典礼。据1936年出版的《中央陆军军官学校史稿》称：“武汉分校规模之宏大不亚于黄埔本校，有男女学生及入伍生6000余人，实为中国腹部武装革命势力之大本营”。抗日战争时期，为培养和提振国民英雄主义精神，宋庆龄先生不辞劳顿奔波募款，并请辛亥革命家和书法家集于一身的喻育之先生，题写“武昌首义大学”校名。1946年，辛亥志士李翊东又撰长文吁请，创立一所纪念性、研究性的武昌首义大学。
2000年8月，经国家教育部批准，华中科技大学军威学院正式成立，为全日制本科层次普通高校，由华中科技大学和武汉军威教育投资集团合作兴办。
2001年3月，学校正式更名为华中科技大学武昌分校。
2008年9月，学校首设中国大陆台资企业人才培养基地。
2010年11月辛亥革命百年论坛，全国政协委员、辛亥革命先驱黄兴之孙黄伟民先生，广邀美国以及北京、江苏、湖北、湖南、广东等地辛亥革命志士后裔，齐聚南湖吁请并签名倡办武昌首义大学。
2015年5月，经教育部批准，学校正式转设为独立设置民办普通高校，更名为武昌首义学院，并在湖北省内二本招生。校名揭牌仪式于6月7日举行。
2015年6月，学校率先开办创新创业教育学院，开全国高等教育创业教育之先河。
2012年通过学士学位授予权评估，获得学士学位授予权。2015年3月，获批“应用技术型普通高校转型”试点高校。2016年12月，晋身教育部“互联网+中国制造2025”产教融合促进计划试点院校。
2017年12月，获“2015—2016年度省级文明单位（校园）”荣誉称号。