1950年12月11日，毛泽东主席亲自批准成立了中国人民解放军历史上第一所化学兵学校——中国人民解放军化学兵学校。
1958年，更名中国人民解放军防化学兵学校。
中国人民解放军军事工程学院（哈军工）从1960年开始分建与扩建：将刚刚新建的防化兵工程系调出，交给有关兵种，扩建为单独的兵种工程技术学院——防化兵指挥工程学院。
1969年，防化学兵工程学院、防化学兵学校合并，建立中国人民
解放军防化技术学校。
1975年，更名中国人民解放军防化学校。
1978年，升格成为中国人民解放军防化学院。
1986年，更名中国人民解放军防化指挥工程学院。
2011年，更名中国人民解放军防化学院。
2015年，改隶新成立的中国人民解放军陆军。
专业建设
截至2017年6月，学院开设有
辐射防护与核安全、作战指挥2个本科专业。
| 专业大类 | 专业小类 | 专业名称 |
|---|---|---|
| 工学 | 核工程类 化学类 装备工程类 | 辐射防护与核安全 生物防护工程 装备保障 |
| 军事学 | 作战指挥 |