中国人民解放军南京政治学院前身为中国人民解放军南京政治学校，1977年12月，在江苏省南京市成立。
1986年6月，改称南京政治学院。
1992年8月，长沙政治军官进修学院转隶并入南京政治学院，改称南京政治学院分院。
1993年6月，南京政治学院分院分离出南京政治学院，改称长沙政治学院。
1999年4月，长沙政治学院转隶并入国防科学技术大学。
中国人民解放军空军政治学院
中国人民解放军南京政治学院上海分院前身为中国人民解放军空军军政干部学校，1951年1月，在河南省洛阳市成立。
1952年7月，改称空军干部学校。
1952年9月，改称空军政治干部学校。
1954年9月，学校迁址南京市中和桥，改称空军政治学校。
1962年7月，学校迁址上海市五角场。
1974年12月撤销，1978年3月重建。
1986年6月，改称空军政治学院。
1992年9月，整编为空军指挥学院分院。
1993年6月，恢复为空军政治学院。
合并发展
1999年5月，空军政治学院转隶并入南京政治学院，改称南京政治学院上海分院。
2003年12月24日，全军第一个军队政治工作学博士后科研流动站和第一个政治学博士后科研流动站在该校挂牌成立。
2012年8月，该校设立首个武警边防部队教学实践基地。
2017年8月，南京政治学院并入国防大学政治学院。
学科建设
学院是全军最早开始培养全日制本科生和研究生的院校之一，学院瞄准“国家一流、军队特色、南政品牌”的目标加强学科专业建设，已形成了横跨八大学科门类，任职教育、本科教育、研究生教育相互衔接和支撑，重点学科、特色学科、新兴学科协调发展的学科体系。
截至2015年5月，学院拥有马克思主义哲学、伦理学、政治经济学、军事法学、政治学理论、中共党史、国际政治、马克思主义理论、基础心理学、军事思想及军事历史、军队指挥学、军队政治工作学、图书情报与档案管理、应用心理、新闻与传播、军事学等16个硕士研究生专业；以及马克思主义哲学、马克思主义理论、军队政治工作学、新闻学、军事思想及军事历史、图书情报与档案管理等6个博士研究生专业和军队政治工作学博士后科研流动站、政治学博士后科研流动站等2个博士后科研流动站。
该院的马克思主义基本原理和军队政治工作学2个学科是国家重点学科；马克思主义理论、军队政治工作学、军事心理学等3个学科被总部列入军队“2110工程”重点建设学科专业领域；马克思主义哲学、马克思主义理论、新闻传播学、图书情报与档案管理、军事思想及军事历史等5个一级学科被确定为江苏省重点（培育）学科。