1953年，河南中医进修学校创建于河南开封。
1958年，河南省计划新建高等学校61所（其中包括在原河南省中医进修学校的基础上创建河南中医学院）。
1958年9月4日，河南中医学院建立。
1979年，学校被国务院学位委员会批准面向全国招收和培养硕士学位研究生。
1981年，被批准为首批硕士学位授予单位。
1997年起相继与北京中医药大学、上海中医药大学、中国中医科学院等联合培养博士研究生。
2003年被教育部正式批准为联合培养博士研究生工作单位。
2006年被人事部批准为博士后科研工作站，2009年1月被确定为博士学位授权建设单位。
2011年11月，河南省人民政府与国家中医药管理局签订共建河南中医学院协议。
2012年，学校被列入国家中西部高校基础能力建设工程建设规划学校，并成为“国家中西部高等教育振兴计划”高校。
2013年，学校成为教育部中国政府奖学金生培养高校；同年，学校中医学、中药学2个一级博士授权学科获得河南省和国务院学位办正式批准，2014年开始招收博士研究生。
2015年，学校拟更名为河南中医药大学。
2016年1月26日，中华人民共和国教育部做出《关于2016年教育部拟批准设置高等学校的公示》，河南中医学院公示更名为河南中医药大学。
2016年3月1日，河南中医学院正式更名为河南中医药大学。
2018年10月18日，河南中医药大学举办河南中医药大学60周年校庆。
办学条件
院系专业
根据2018年5月学校官网显示，现设有基础医学院、药学院、第一临床医学院、第二临床医学院、骨伤学院、第三临床医学院、针灸推拿学院、护理学院、康复医学院、管理学院、外语学院、信息技术学院、软件职业技术学院、国际教育学院、继续教育学院、思想政治理论教研部、体育教研部、职业技能培训鉴定中心等18个院（部、中心）。
| 专业设置 | ||
|---|---|---|
| 院系 | 本科 | 专科 |
| 基础医学院 | 预防医学、食品卫生与营养学、中医学（5+3）、中医学（5+3一体化，儿科学）、临床医学 | —— |
| 药学院 | 中药学、药学、药物制剂、制药工程、中药制药、中药资源与开发、生物工程 | |
| 第一临床医学院 | 中西医临床医学、医学检验技术、中医儿科学 | |
| 第二临床医学院 | 中医学、医学影像技术、中医骨伤科学[10]、中医养生学 | |
| 针灸推拿学院 | 针灸推拿学 | 针灸推拿 |
| 护理学院 | 护理学、护理学（民族传统体育与保健英语方向） | —— |
| 康复医学院 | 康复治疗学 | |
| 管理学院 | 公共事业管理、市场营销、文化产业管理、应用心理学、健康服务与管理 | |
| 外语学院 | 英语、汉语国际教育 | |