1971年6月，山东省“五七”干部学校组建。
1976年1月，学校改称山东省省级机关“五七”干部学校。
1979年4月，学校改为山东省农林干部学校。
1983年10月，学校改建为山东省农业管理干部学院。
1998年，经山东省教育厅批准，学校承担普通高专科（高职）教育。
2004年，学校在山东省高职高专人才培养工作水平评估中被评为“优秀”等级。
2013年4月，学校改建为山东农业工程学院，开始本科教育。
山东农业工程学院师资力量：
截至2019年3月，学校有专任教师523人，其中高级职称教师164人，硕士以上学位教师463人，特聘工程院院士2名，享受国务院政府特殊津贴专家2名，有教育部高等学校骨干教师1名、省教学名师1名、省优秀教师7名、山东省农业专家顾问团专家2名、山东省现代农业产业技术体系岗位专家3名、山东省农业领域“653工程”专家1名、山东省科技兴农先进个人3名。
教育部高等学校骨干教师：王西奎
山东省教学名师：岳凤丽
山东省级教学团队
| 团队名称 | 带头人 | 入选时间 |
|---|---|---|
| 国土资源管理专业教学团队 | 孙广云 | 2011年 |
| 园林技术专业教学团队 | 杨向黎 | 2012年 |
山东省级精品课程：土地估价、大学语文、花卉栽培、园林规划设计、建设用地管理能力课程群（土地利用规划、建设用地管理、地籍管理、土地市场管理）、植物保护技术联合课程群（植物化学保护、园林植物病虫害防治技术、园艺植物病虫害防治技术、作物病虫害防治技术）、市场营销课程群（市场营销学、市场调查与预测、商务谈判、营销策划、公共关系）、食品检验与质量控制课程群（食品仪器分析、食品微生物检验、食品分析技术、食品感官检验、食品质量管理）
教学成果
截至2018年6月，学校获省级教学成果一等奖1项，二、三等奖7项。 参与学科竞赛获得各类奖项52人次，其中山东省大学生科技创新大赛一等奖1项、三等奖3项；全国大学生智能汽车竞赛山东省赛区一等奖1项、二等奖3项、三等奖2项；山东省大学生工程训练综合能力竞赛三等奖1项；齐鲁大学生机器人大赛二等奖1项，三等奖1项。