1952年，吉林医药学院的前身是东北军区空军长春护士训练队。
1954年8月，更名为空军461医院附属高级护士学校。
1961年4月，更名为空军卫生学校。
1975年4月，改称空军军医学校，由长春迁址吉林市。
1986年10月，更名为空军医学专科学校。
1993年6月，更名为空军医学高等专科学校。
1996年起，学校与白求恩医科大学联合培养硕士研究生，1999年作为第四军医大学的分院独立开展研究生教育。
1999年5月并入第四军医大学。更名为第四军医大学吉林军医学院
2004年8月，学校整体移交吉林省，更名为吉林医药学院。
2013年，通过教育部本科教学工作合格评估。