1999年12月，浙江省人民政府批准学校筹建浙江医学职业技术学院。
2000年，浙江省人民政府同意通过土地置换方式，学校迁址杭州滨江高教园区，升格筹建浙江医学职业技术学院。
2002年7月，由浙江医学职业技术学院（筹）更名为浙江医学高等专科学校（筹）；同年9月，学校迁入滨江高教园区。
2004年5月，经教育部批准，学校正式升格并更名为浙江医学高等专科学校毕业证。
2012年11月，入选卓越医生教育培养计划。
2014年1月，浙江省人民政府批准将滨江校区置换给浙江中医药大学。
2016年3月，经教育部批准，浙江医学高等专科学校毕业证升格并更名为杭州医学院。